Rewolucja w sekwencjonowaniu DNA
Urządzenie do sekwencjonowania DNA typu laboratorium w chipie będzie wprowadzone do użytku w USA. Umożliwia ono badanie DNA w niewielkich laboratoriach. Badania z kolei mogą pomóc w terapii chorób uwarunkowanych genetycznie, jak np. hemofilia.
Urządzenie nazwano Ion Personal Genome Machine (PGM). Nowość zastosowanego w nim rozwiązania polega na zmianie w technice odczytu. Zwykłe urządzenia do sekwencjonowania znaczą nukleotydy barwnikami i trzeba je optycznie odczytywać, jako sekwencje.
W nowym urządzeniu poszczególne sekwencje odczytywane są przy pomocy sygnałów elektrycznych przez procesor. Mimo iż Ion PGM jest pierwszym tego typu urządzeniem, które uruchomiło wyścig w dziedzinie sprzętu do sekwencjonowania DNA, nie może rywalizować pod względem dokładności z platformami specjalnie przeznaczonymi do tych zadań, jak HiSeq. HiSeq w jednym przebiegu jest w stanie przeczytać 250 mld par zasad. Jednakże ze swoją początkową pojemnością 1-20 mln par zasad na przebieg, ION PGM może być użyteczny dla laboratoriów mikrobiologicznych i badaczy klinicznych pracujących na średniej wielkości próbkach.
Jak twierdzi mikrobiolog-ekolog Rob Knight z University of Colorado, w Boulder, możliwości HiSeq przerastają potrzeby dużej części laboratoriów. Każdy przebieg kosztuje, bowiem tysiące dolarów i przetwarza tysiące próbek. Będąc w stanie uruchomić małe ilości danych formie pilotażowej – i otrzymać wstępną odpowiedź na pytanie w ciągu kilku godzin można „przekształcić sposób, w jaki ludzie wykonują badania, ich tempo prawdopodobnie się zwiększy”.
Do wyścigu w dziedzinie opracowywania nowych sekwencerów DNA przyłączyły się inne firmy, jak Pacific Biosciences, której rozwiązanie ukaże się na rynku dopiero zimą 2011 roku a zastosowana w nim technologia ma pozwalać na przeczytanie 500 par zasad jednocześnie. Jest to istotne w odszyfrowaniu ważnych obszarów genomu. Ion PGM może odczytać tylko 100 par na raz. Według producenta dokładność urządzenia wynosi około 85 proc., podczas gdy Ion PGM ma osiągać dokładność do 99 proc.
Zaloguj się Logowanie