Tesla Bio Workbench umożliwia osiągnięcie nowych, przełomowych odkryć w dziedzinach bionauk
Obliczeniowcy oraz biofizycy mogą już korzystać z nowych aplikacji wykorzystujących procesor graficzny, witryny społecznościowej oraz wstępnie skonfigurowanych systemów opartych na rozwiązaniach marki Tesla.
Firma NVIDIA zaprezentowała dziś rozwiązania Tesla Bio Workbench, dzięki którym naukowcy będą mogli przekształcić standadowy komputer PC w „laboratorium obliczeniowe”, a tym samym rozszerzyć możliwości zaawansowanych badań biologicznych. Zastosowanie procesorów graficznych NVIDIA® Tesla™ umożliwia osiągnięcie 10 do 20-krotnego wzrostu prędkości operacji przetwarzania złożonych kodów z dziedziny bionauki, takich jak badania tworzeniem nowych leków lub sekwencjonowanie kodu DNA.
Rozwiązanie Tesla Bio Workbench zawiera:
1. Zestaw aplikacji do badań w obrębie dziedzin dynamiki molekularnej i chemii kwantowej, zoptymalizowanych do pracy w oparciu o procesory graficzne, w tym: AMBER, GROMACS, LAMMPS, NAMD, TeraChem, VMD, oraz aplikacji bioinformatycznych, np.: CUDASW++ (Smith-Waterman), GPU-HMMER i MUMmerGPU.
2. Witrynę społecznościową, która umożliwia użytkownikom pobieranie aplikacji, sprawdzanie najnowszych wyników testów, czytanie prac i poradników akademickich, uczestniczenie w dyskusjach na forach odwiedzanych przez samych autorów aplikacji i nie tylko.
3. Szczegółowe informacje na temat stacji roboczych oraz klastrów opartych na procesorach graficznych Tesla zostały udostępnione dla odbiorców na całym świecie i umożliwiają łatwe wdrożenie tych aplikacji.
Naukowcy zwykle przeprowadzają eksperymenty w laboratoriach, w których łączą substancje chemiczne, badają interakcje między nimi oraz mierzą ich skuteczność. Rozwój w dziedzinie nauki obliczeniowej umożliwił przeprowadzanie tych samych eksperymentów za pomocą modeli symulacyjnych dynamiki molekularnej i chemii kwantowej, lecz do tej pory takie działania wymagały użycia dużych superkomputerów wyposażonych w tysiące procesorów.
Dzięki architekturze masywnego przetwarzania równoległego CUDA™ obsługiwanej przez procesory graficzne firmy NVIDIA, wspomniane aplikacje mogą pracować od 10 do 20 razy szybciej. Oznacza to, że komputer PC wyposażony w procesory graficzne TESLA może wykonywać obliczenia od 10 do 20 razy sprawniej niż superkomputer.
Cytaty
„Prowadzimy prace nad wdrożeniem nowej techniki obliczeń wykorzystującej procesory graficznej w oprogramowaniu VMD do wizualizacji dynamiki molekularnej, które umożliwia badanie migracji małych molekuł (takich jak tlen lub dwutlenek węgla) wewnątrz protein. Rozwiązania tego typu są kluczowe w badaniach mechanizmów reakcji enzymatycznych,” powiedział Jonh Stone, starszy programista naukowy Uniwersytetu Illinois w Urbana-Champaign. „Symulacja trwająca jeden dzień na komputerze wykorzystującym procesory graficzne trwałaby 30 dni na maszynie wyposażonej wyłącznie w standardowe procesory typu CPU, a więc byłaby niepraktyczna w toku faktycznych badań.
Zaloguj się Logowanie